Học viện Nông nghiệp Việt Nam là trường công lập, trực thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn. Ngày 17/6/2015, Thủ tướng Chính phủ ký Quyết định 873/QĐ – TTg giao quyền tự chủ cho Học viện. Dù được phép tăng học phí nhưng với đặc thù đa phần sinh viên xuất thân từ nông thôn nên Học viện chỉ thu tương đương với một trường công lập và không lạm thu học phí như một số báo đã đưa tin thiếu khách quan, thiếu trung thực, gây hoang mang cho người học, phụ huynh và sự lo lắng cho xã hội.
Việc thu học phí của sinh viên được Học viện thực hiện đúng theo Nghị định 49/2010/NĐ – CP cho giai đoạn 2010 – 2015. Mức học phí này chỉ cao hơn các trường không tự chủ từ 300 – 500 ngàn đồng/năm. Học phí từ năm 2013 – 2016 chỉ tăng 15 – 16,5%, thấp hơn nhiều so với Quyết định 873 (cho phép tăng đến 30%) mà Chính phủ đã phê duyệt. Mặt khác, sinh viên Học viện trong 3 năm gần đây đã được nhận trên 50,2 tỷ đồng tiền học bổng và trợ cấp xã hội; trong đó Học viện đóng góp gần 49 tỷ đồng.
Tuy còn nhiều khó khăn, nhất là khó khăn về tài chính khi bước sang tự chủ, nhưng Học viện luôn nỗ lực để đáp ứng tối đa nhu cầu dạy và học của sinh viên, nhằm mục tiêu cung cấp cho xã hội những công dân được đào tạo có chất lượng, có chuyên môn tốt, kỹ năng tốt, tiếng Anh tốt, sẵn sàng cho những thách thức và cơ hội cho thời kỳ hội nhập quốc tế ngày càng sâu rộng hơn khi Việt Nam là một thành viên chính thức của TPP. Những năm gần đây, Học viện tích cực đổi mới chương trình giảng dạy, đưa thêm nhiều môn học phù hợp hơn với thực tế công việc, xây dựng các chương trình đào tạo định hướng nghề nghiệp/ứng dụng cho cả đại học và cao học, mở các lớp đào tạo kỹ năng mềm và nâng cao trình độ tiếng Anh cho sinh viên, cải tạo cơ sở vật chất ngày càng hiện đại.
Với đặc thù sinh viên theo học phần đông là con em nông thôn, trình độ ngoại ngữ còn nhiều hạn chế, nhằm nâng cao năng lực ngoại ngữ và tạo cơ hội giao lưu học tập với nền giáo dục trong khu vực và quốc tế, Trung tâm Ngoại ngữ và Đào tạo quốc tế của Học viện đã ra đời. Trung tâm có nhiệm vụ hỗ trợ đào tạo tiếng nước ngoài, tổ chức các khóa học, trao đổi sinh viên quốc tế, là cầu nối giữa sinh viên Học viện với nền giáo dục đại học của nhiều nước trên thế giới.
Mỗi năm, nhiều sinh viên, cán bộ của Học viện được cử đi học tập, trao đổi, giảng dạy tại một số trường đại học trên thế giới. Cùng với uy tín lâu năm của mình, Học viện liên tục đón các đoàn sinh viên quốc tế sang trao đổi, học tập, nhiều lượt các nhà khoa học sang hợp tác, thỉnh giảng, tạo môi trường giao lưu đa ngôn ngữ, đa văn hóa ngay tại Học viện. Học viện cũng đã và sẽ tìm được nhiều nguồn tài trợ và giành một khoản kinh phí thích đáng để cấp học bổng khuyến khích cho sinh viên học tốt ngoại ngữ cũng như các kỹ năng mềm.
Song song với việc đào tạo, Học viện còn quan tâm sâu sắc đến công tác tư vấn việc làm cho sinh viên khi ra trường. Trung tâm Tư vấn và Hỗ trợ sinh viên hàng năm đều kết hợp với các đơn vị trong và ngoài Học viện, các doanh nghiệp, nhà tuyển dụng để tổ chức Ngày hội việc làm, để thường xuyên giới thiệu việc làm cho sinh viên đã tốt nghiệp hoặc chuẩn bị tốt nghiệp; giới thiệu cho sinh viên các cơ hội thực tập, việc làm thêm ngay khi còn đang ngồi trên ghế nhà trường. Theo thống kê, trên 70% sinh viên tìm được việc làm ổn định sau khi tốt nghiệp 6 tháng. Cũng thông qua Trung tâm Tư vấn việc làm và Hỗ trợ sinh viên của Học viện, nhiều sinh viên đã có cơ hội làm việc ngắn hạn tại Nhật Bản theo chương trình thực tập sinh, nhiều sinh viên vừa mới tốt nghiệp đã có việc làm dài hạn tại Nhật Bản theo chương trình thực tập sinh, kỹ sư.
Về cơ sở vật chất, trong những năm gần đây, Học viện đã đầu tư, bằng nguồn vốn của Học viện, gần 330 tỷ đồng (trong đó năm 2015 là trên 81 tỷ đồng, năm 2016 ước tính trên 104 tỷ đồng) để xây mới và cải tạo gần 53 ngàn m2 sàn xây dựng bao gồm giảng đường, ký túc xá, phòng thí nghiệm, trạm xử lý nước sạch, mua sắm các phương tiện hỗ trợ đào tạo như máy chiếu, micro cho tất cả các giảng đường, v.v… Cụ thể, hiện tại Học viện đang xây thêm giảng đường diện tích sàn 3.080m2, vừa hoàn thành cải tạo và xây mới thêm 23 phòng thí nghiệm với diện tích sàn 740,90m2, xây xong nhà thực tập cho sinh viên ngành môi trường với diện tích sàn 1.439m2, xây bổ sung thêm 1 tầng cho giảng đường Nguyễn Đăng với diện tích sàn 1.626m2, xây mới nhà làm việc cho khoa Công nghệ thực phẩm 448m2, nhà làm việc và thực tập cho sinh viên ngành Chăn nuôi với diện tích sàn là 1.773m2, cải tạo 1.390m2 sân văn hóa sinh viên, v.v… chưa kể vốn đối ứng xây dựng các ký túc xá C3, C4, C5 lên tới hàng trăm tỷ đồng. Ngoài ra, một công trình được nhiều thế hệ sinh viên mong đợi sắp được khởi công và chắc chắn sẽ sớm hoàn thành là Quảng trường Sinh viên, một quảng trường mang màu xanh của sức sống, màu xanh của tuổi trẻ, màu của nền Nông nghiệp bền vững. Đây sẽ là một điểm nhấn quan trọng chào mừng 60 năm xây dựng và phát triển của Học viện và là nơi kết nối các thế hệ sinh viên.
Về khoa học - công nghệ, thời gian qua Học viện đã thực hiện 43 đề tài cấp Nhà nước, 127 đề tài cấp Bộ, thực hiện 55 đề tài chuyển giáo công nghệ với địa Phương và doanh nghiệp, thực hiện trên 40 đề tài, chương trình hợp tác khoa học - công nghệ với các đối tác nước ngoài với kinh phí lên đến trên 300 tỷ đồng. Học viện cũng là trường đại học đi tiên phong trong thành lập Trung tâm Khởi nghiệp và ươm tạo công nghệ. Kết quả của những bứt phá trong hoạt động khoa học - công nghệ là Học viện đã đóng góp cho sản xuất 25 giống cây trồng và tiến bộ kỹ thuật được xã hội đón nhận, hàng trăm bài báo quốc tế đăng trên các tạp chí chuyên ngành có uy tín khoa học cao; nhờ thế, năm 2014 Học viện đã được Bộ KH-CN ghi nhận là một trong 20 trường đại học, viện nghiên cứu có công bố quốc tế nhiều nhất Việt Nam.
Không dừng lại với những gì đã đạt được, trong chặng đường tiếp theo, Học viện luôn khẳng định sứ mạng của mình là không ngừng phấn đấu đạt chất lượng cao trong đào tạo, khoa học - công nghệ và phục vụ xã hội, đóng góp thiết thực cho sự nghiệp công nghiệp hóa, hiện đại hoá nông nghiệp và phát triển nông thôn Việt Nam văn minh, giàu, đẹp. Với quyết tâm ấy, toàn thể Lãnh đạo, Cán bộ viên chức và người học của Học viện luôn sẵn sàng phấn đấu hết mình để Học viện Nông nghiệp Việt Nam luôn là địa chỉ tin cậy nhất trong nghiên cứu và đào tạo, xứng danh Anh hùng Lao động thời kỳ đổi mới và Anh hùng Lực lượng vũ trang Nhân dân đã được Đảng và Nhà nước trao tặng.