GIỚI THIỆU
Lợn Móng Cái (Sus scrofa) là một giống lợn bản địa quý ở Việt Nam, đặc trưng bởi kiểu hình lưng võng, khoang yên ngựa kéo dài từ vai tới hông. Giống lợn này có nguồn gốc ở huyện Móng Cái, tỉnh Quảng Ninh, giáp biên giới Trung Quốc. Do thường được dùng là để lai tạo với các giống lợn nhập ngoại, nhiều biến thể về kiểu hình của lợn Móng Cái đã xuất hiện, đặc biệt là kiểu hình về khoang yên ngựa đặc trưng.
Thụ thể melanocortin 1 (MC1R) quy định cho tính trạng trội màu lông đen, đốm đen và đỏ ở cả lợn phương Tây và lợn châu Á. Mục đích của nghiên cứu này là phân tích sự đa dạng về trình tự của gen MC1R trong quần thể lợn Móng Cái.
PHƯƠNG PHÁP
Đầu tiên, nhóm tác giả thu mẫu tai và tách chiết DNA tổng số của 26 cá thể lợn Móng Cái từ 4 trang trại lợn Móng Cái, tỉnh Quảng Ninh. Nhóm đã giải trình tự gen MC1R sau khi đã nhân được gen từ 2 cặp mồi có cùng overlap. Bằng các công cụ tin sinh học, nhóm phân tích sự biến đổi của các nucleotide trong gen MC1R và haplotype của các các thể lợn. Cây phả hệ đã được dựng để cung cấp thông tin về sự tiến hóa và phân loại của lợn Móng Cái.
    |
 |
| Hình 1: Hai kiểu hình khoang yên ngựa tiêu biểu của lợn Móng Cái: khoang yên ngựa thắt (bên trái), khoang yên ngựa liền (bên phải) |
KẾT QUẢ
Phân tích trình tự
Các trình tự khoảng 1600 bp bao gồm vùng mã hóa và 5’ và 3’UTR đã được khuếch đại thành công ở 26 cá thể Móng Cái. Cắt trình tự thu được gồm 1 exon có chiều dài 963 bp và mã hóa 321 axit amin và đã được gửi tới GenBank với mã tham chiếu OP142697 – OP142700.
Một nhóm dữ liệu gồm vùng CDS của gen MC1R từ 26 cá thể Móng Cái và 20 cá thể lợn khác trên thế giới đã được lập. Căn trình tự cho thấy có 18 vị trí đa hình: 2 vị trí indel, 4 đa hình đơn nucleotide đồng nghĩa (synonymous SNP) và 12 SNP không đồng nghĩa (non-synonymous SNP). Trong nhóm lợn Móng Cái, có 5 điểm đột biến được phát hiện. Nhóm tác giả sử dụng phép toán chi-square (df = 3, P < 0,05) cho thấy tất cả các vị trí đa hình đều có liên quan đáng kể với tính trạng màu lông.
Đa dạng haplotype
Mười hai haplotypes đã được xác định (Bảng 3 và 4) gồm: Hap2 đến Hap7 là các giống lợn gốc châu Âu với màu lông trắng chủ đạo và màu lông trắng đen hai đầu; Hap1 bao gồm 7 giống lợn Trung Quốc với đa dạng kiểu hình màu lông và 18 con lợn Móng Cái; Hap12 gồm 6 cá thể Móng Cái còn lại.
Bảng 3: Phân nhóm Haplotype và đa hình trên gen MC1R của các cá thể lợn Móng Cái, châu Âu, châu Á
Bảng 4: Phân bố Haplotype theo cá thể
Đáng chú ý, nt729 (c.729A>G) khác nhau giữa Hap1 và Hap12 và là một đột biến đồng nghĩa. Điều thú vị là tất cả các giống lợn châu Âu và 6 cá thể lợn Móng Cái đều mang alen 729GG trong khi ntA được ghi nhận tại vị trí 729 của Hap1 và từ Hap8 đến Hap11.
Kết hợp cùng phân tích kiểu hình, nhóm tác giả cho rằng Hap1 và Hap12 là hai haptype chính ở lợn Móng Cái trong đó Hap1 đại diện nhóm lợn kiểu hình khoang yên ngựa thắt và Hap12 đại diện cho kiểu hình khoang yên ngựa liền (Hình 1).
Phân tích phát sinh loài
Cây phát sinh loài được xây dựng cho thấy các giống lợn châu Âu và châu Á được tách thành hai cụm riêng biệt và quần thể lợn Móng Cái thuộc nhánh châu Á (Hình 2). Điều thú vị là 6 cá thể Móng Cái có kiểu gen Hap12 đã tạo thành một cụm riêng biệt trong quần thể châu Á.
Kết quả này cung cấp bằng chứng ủng hộ kết luận trước đó rằng lợn Móng Cái có nguồn gốc từ châu Á và biến thể MC1R phân tách giữa các giống lợn châu Âu và châu Á. Tuy nhiên, có 6 cá thể lợn Móng Cái hiện nay mang Hap12 có thể mang nguồn gốc khác trong quần thể lợn.
|
 |
| Hình 2: Cây phả hệ dựng dựa trên trình tự MC1R, mô hình Maximum Likelihood, thuật toán HKY, bootstrap 1000. |
Sự lai tạo giữa lợn Móng Cái với các giống lợn khác giúp tăng nhanh về sản lượng, loại bớt các tính trạng không được ưa thích nhưng đã có ảnh hưởng tới kiểu hình đặc trưng và nguồn gen của giống lợn quý này.
Theo: doi: https://doi.org/10.13057/biodiv/d240347