| 1 | Chọn tạo giống cà chua chống chịu bệnh sương mai (Phytophthora infestans) bằng chỉ thị phân tử | Trần Ngọc Hùng, Đặng Thị Mai, Chu Thị Lan Hương.... | Bộ NN&PTNT | Chủ nhiệm đề tài | 2009-2013 |
| 2 | Nghiên cứu tạo giống cà chua ưu thế lai kháng bệnh sương mai (Phytophthora infestans) năng suất cao, chất lượng tốt | Trần Ngọc Hùng, Đặng Thị Mai, Nguyễn Xuân Điệp.... | Bộ NN&PTNT | Chủ nhiệm đề tài | 2016-2020 |
| 3 | Nghiên cứu chọn tạo giống chuối có năng suất cao, chất lượng tốt, chống chịu bệnh héo vàng (Fusarium oxysporum) phục vụ nội tiêu và xuất khẩu ở các tỉnh phía Bắc | Nguyễn Văn Dũng, Trần Ngọc Hùng, Nguyễn Văn Thắng... | Bộ NN&PTNT | Tham gia chính | 2015-2019 |
| 4 | Nghiên cứu ứng dụng chỉ thị phân tử chọn tạo giống cà chua ưu thế lai kháng bệnh virus xoăn vàng lá (TYLCV) tại Tây Nguyên | Trần Ngọc Hùng, Đặng Thị Mai, Nguyễn Xuân Điệp.... | Bộ NN&PTNT | Chủ nhiệm đề tài | 2025-2028 |